La sezione di medicina si articola in tre sale intitolate a grandi maestri della Medicina: l’anatomico Antonio Scarpa, il patologo chirurgo Luigi Porta, l’istologo e patologo Camillo Golgi. Esse facevano parte del Gabinetto di Anatomia, dove si trovava il Museo anatomico, che era stato iniziato da Rezia e continuato da Scarpa, Panizza e quindi da Zoja che ne lasciò la descrizione in un’opera a stampa. E’ attualmente in allestimento una quarta sala destinata ad accogliere le acquisizioni più recenti, tra le quali la sezione di ematologia, intitolata ad Adolfo Ferrata e il primo laboratorio di microscopia elettronica, istochimica e genetica. La sezione comprende strumenti, cimeli e preparati anatomici relativi soprattutto alla seconda metà del 1700, al 1800 ed al nostro secolo ed esposti nelle scansie fatte costruire dallo stesso Scarpa nel XVIII secolo in stile veneziano, in verde chiaro, con decorazioni scure, fregi e figure allegoriche di notevole pregio artistico. Il materiale anatomico, che costituisce la parte preponderante delle collezioni, è costituito da preparati in parte a secco ed in parte conservati in alcool o in soluzione di formaldeide riguardanti diversi settori e realizzati allo scopo di illustrare particolari interventi chirurgici o la risposta a situazioni sperimentali, oppure per dimostrare distretti anatomici di peculiare interesse.
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